Come utilizzare MedITEX DICOM

From MedITEX - Wiki

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<p>The normal situation where it is possible to interact with the MDS application is called <strong>RE-WORK</strong>.</p>
+
<p>L'istanza in cui &egrave; possibile interagire con l'applicazione MDS &egrave; chiamato&nbsp;<strong>RE-WORK</strong>.</p>
−
<p>Here you can manually work on a DCM file, associate the correct patient and run the import again.</p>
+
<p>Attraverso il RE-WORK si possono gestire direttamente i file DCM, associare il paziente corretto e importare nuovamente.</p>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li>Click on <em><strong>Analyse CDM-File</strong></em> (1) and the patient records of the selected DCM file will be displayed.</li>
+
<li>Cliccare su&nbsp;<em><strong>Analyse CDM-File</strong></em> (1) e verranno visualizzati i record paziente del file DCM selezionato.</li>
−
<li>When clicking on<em><strong> Assign Patient</strong></em> (2) then, a list of all your patients will open.</li>
+
<li>Cliccando su<em><strong> Assign Patient</strong></em> (2) si aprir&agrave; una lista di tutti i pazienti presenti in MedITEX.</li>
−
<li>Choose from this list the patient to whom the DCM file should be assigned and click on <em><strong>Assign Patient</strong></em> (3) symbol next to the patient ID.</li>
+
<li>Selezionare il paziente al quale dovrebbe essere assegnato il file DCM e premere il pulsante&nbsp;<em><strong>Assign Patient</strong></em> (3) affianco al paziente selezionato.</li>
−
<li>Once the new patient is assigned to the DCM file, click on <em><strong>Import</strong></em> (4) and the file will be processed.</li>
+
<li>Una volta ssegnato il paziente cliccare su&nbsp;<em><strong>Import</strong></em> (4) e il file verr&agrave; processato.</li>
 
</ul>
 
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<p>This is an example of a typical protocol displaying one successfully imported ultrasound image and another failed one.</p>
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<p>Questo &egrave; un esempio di un tipico protocollo che mostra un'immagine ecografica importata con successo e un'altra fallita.</p>
 
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<h2>MedITEX DICOM Server Configuration</h2>
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<h2>MedITEX DICOM Server Configurazione</h2>
 
<h3>DICOM Server</h3>
 
<h3>DICOM Server</h3>
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<p>The communication between ultrasound devices and MDS is done via TCP/IP.</p>
+
<p>La comunicazione tra ecografi e MDS avviene tramite TCP / IP.</p>
−
<p>The IP address is the address of computer where the MDS is running. The default port is 108 but any other port can be assigned if the port 108 is in use.</p>
+
<p>L'indirizzo IP &egrave; l'indirizzo del computer su cui &egrave; in esecuzione MDS. La porta predefinita &egrave; la 108 ma &egrave; possibile assegnare qualsiasi altra porta se la 108 &egrave; in uso.</p>
−
<p>The so called AE-Title only matters if different database applications in your network provide different worklists. In case of many ultrasound devices in combination with MDS (and no other application that listens on the defined port), the AE-Title is just helpful to have.</p>
+
<p>Il cosiddetto AEtitle &egrave; importante solo se diverse applicazioni nella rete forniscono diverse worklist. Nel caso di molti ecografi in combinazione con MDS (e nessun'altra applicazione che "ascolta" sulla porta definita), il AEtitle &egrave; solamente un aiuto per l'identificazione.</p>
 
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<p>The list of <strong>DICOM-CLASSES</strong> (see: DCM file header -&gt; SOPClassUID) defines the modality and therefore the general further processing.</p>
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<p>La lista di&nbsp;<strong>DICOM-CLASSES</strong> (vedi: DCM file header -&gt; SOPClassUID) definisce la modalit&agrave; di processazione del file.</p>
−
<p>Each modality association in the classes list (SR, US-1, US-2, etc.) must &ndash; as a next step &ndash; have a <strong>DICOM-APP</strong> assigned, which will finally extract reports (SR) or images (US) from the DCM file.</p>
+
<p>Ogni associazione di modalit&agrave; nell'elenco delle classi (SR, US-1, US-2, etc.) deve - come passo successivo - avere una&nbsp;<strong>DICOM-APP</strong> assegnata, che alla fine estrarr&agrave; report (SR) o immagini (US) dal file DCM.</p>
 
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<p>&nbsp;</p>
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<h3>Ovary identification <strong><br /></strong></h3>
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<h3>Identificazione dell'ovaio<strong><br /></strong></h3>
 
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<p>To retrieve the follicle measurement from the SR files, the IDs of the fields where the relevant information is located have to be defined (as displayed above).</p>
+
<p>Per recuperare la misure dei follicoli dai file SR, devono essere definiti gli ID dei campi in cui sono localizzate le informazioni rilevanti (come mostrato sopra).</p>
−
<p>These IDs can be found in the XML file (decoded from DCM SR) as "concept &lt;value&gt; | concept &lt;meaning&gt;".</p>
+
<p>Questi ID possono essere trovati nel file XML (decodificato da DCM SR) come "concept &lt;value&gt; | concept &lt;meaning&gt;".</p>
−
<p>If the value and the meaning (can be empty) match, the "CONTAINS &lt;value&gt;" will be read as ovary measurement value.</p>
+
<p>Se il valore e il significato (possono essere vuoti) corrispondono, il "CONTAINS &lt;value&gt;" verr&agrave; letto come valore di misurazione dell'ovaio.</p>
 
<p>&nbsp;</p>
 
<p>&nbsp;</p>
−
<h3>Settings</h3>
+
<h3>Impostazioni</h3>
−
<p>- MedITEX DICOM Server normally imports ultrasound images (US) and follicle measurements (SR) from a DCM file.</p>
+
<p>- MedITEX DICOM Server normalmente importa le immagini ecografiche (US) e le misurei dei follicoli (SR) da un file DCM.</p>
−
<p>- Every other information in an SR file that does not belong to follicle measurement can be additionally imported, for this purpose, the checkbox "Additional measurement values as note" must be ticked.</p>
+
<p>- Ogni altra informazione contenuta nel file SR che non appartiene alla misurazione dei follicoli pu&ograve; essere importata nel campo note; per questo scopo la casella "Additional measurement values as note" deve essere selezionata.</p>
−
<p>- Follicle measurements normally belong to a cycle. Tick checkbox "Set EXAM-US" to import further measurements which will then be treated as examination ultrasound.</p>
+
<p>- Le ecografie follicaolari appartengono normalmente ad un ciclo. Spuntare la casella "Set EXAM-US" per importare anche ecografie follicolari con date non inscuse in un ciclo, queste verranno quindi inserite in Diag. Strumentale.</p>
−
<p>- <span style="text-decoration: underline;">Match person by:</span> Patient ID (default) &ndash; Name &ndash; DOB. More than one identification criteria increase the safety of assigning the ultrasound to the right person.</p>
+
<p>-<span style="text-decoration: underline;"> Identifica paziente attraverso:&nbsp;</span>ID Paziente (default) &ndash; Nome &ndash; DDN. Pi&ugrave; di un criterio di identificazione aumenta la sicurezza di assegnare l'ecografia alla persona giusta.</p>
−
<p>An extracted ultrasound picture (US) has no file name. Subsequently, a file name must be created, what is done by using the current timestamp (<em>for example: DCM_20170801162035401.jpg = year + month + day + hour + minute + second + millisecond</em>). When using the study date time (year to second) instead, the database can be checked and duplicates can be avoided (if each new ultrasound image gets its own study time and this depends of how the ultrasound device was set up and whether the daily workflow allows a quick adjustment of the study time or not).</p>
+
<p>L'immagine ecografica estratta (US) non ha un file name. Successivamente alla sua estrazione dal file DCM il file name viene creato utilizzando il timestamp di import (<em>per esempio: DCM_20170801162035401.jpg = anno + mese + giorno + ora + minuti + secondi + millisecondi</em>). Se si utilizza la data dell'ecografia (anni a secondi), il database pu&ograve; essere controllato e i duplicati possono essere evitati (dipende da come &egrave; impostato l'ecografo e la worklist).</p>
 
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<p>- It is possible to define how a target cycle should be found in the database by searching the newest cycle of a patient using study date time and subtracting or adding days (within range-from to range-to). Normally the transfer date is used to decide whether an ultrasound should be treated as pregnancy ultrasound or not. If the cycle has no transfer (IUI for example) a date range can be defined before pregnancy and&nbsp; the same logic will be used: study time is compared to this range.</p>
+
<p>- E' possibile definire come identificare il ciclo al quale appartengono le ecografie, cercando l'ultimo ciclo dl paziente utilizzando la data dell'ecografia e sottraendo o aggiungendo giorni (con range-from e range-to). Normalmente la data del Transfer viene utilizzata per decidere se l'ecografia debba essere trattata come ecografia di gravidanza o meno. Se il ciclo non ha ET (IUI ad esempio), un intervallo di date pu&ograve; essere definito prima della gravidanza e verr&agrave; utilizzata la stessa logica: la data dell'ecografia viene confrontata con questo intervallo.</p>
−
<h3>Workfolders</h3>
+
<h3>Cartelle di lavoro</h3>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li>Three folders are automatically created:</li>
+
<li>Vengono create tre cartelle</li>
 
</ul>
 
</ul>
 
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<tbody>
 
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<tr>
 
<tr>
−
<td><strong>SPOOL Folder</strong></td>
+
<td><strong>SPOOL&nbsp;</strong></td>
−
<td>Every incoming DCM message is saved as a file to this folder.</td>
+
<td>Ogni messaggio DCM in arrivo viene salvato come file in questa cartella.</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td><strong>FAILED Folder</strong></td>
+
<td><strong>FAILED&nbsp;</strong></td>
−
<td>Every DMC file that cannot be processed is moved into this folder.</td>
+
<td>Tutti i file DMC che non possono essere elaborati vengono spostati in questa cartella.</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td><strong>ARCHIVE Folder</strong></td>
+
<td><strong>ARCHIVE&nbsp;</strong></td>
−
<td>Backup of successfully processed DCM files.</td>
+
<td>Backup di file DCM elaborati con successo.</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</tbody>
 
</tbody>
 
</table>
 
</table>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li><strong><em>Scan delay</em></strong>: If MDS gets aware of changes in the SPOOL folder, it will wait for n milliseconds (1500 is a recommended value) before the files are scanned and processed.</li>
+
<li><strong><em>Ritardo nella scannerizzazione</em></strong>: Se MDS riconosce modifiche nella cartella SPOOL, attender&agrave; n millisecondi (1500 &egrave; un valore consigliato) prima che i file vengano analizzati ed elaborati.</li>
 
</ul>
 
</ul>
 
<ul>
 
<ul>
−
<li><strong><em>Days to keep in archive</em></strong>: DCM backups in the ARCHIVE folder that are older than the defined days will be automatically deleted.</li>
+
<li><strong><em>Giorni da tenere in ARCHIVE</em></strong>:&nbsp;I backup DCM nella cartella ARCHIVE precedenti ai giorni definiti verranno automaticamente eliminati.</li>
 
</ul>
 
</ul>
 
<p>&nbsp;</p>
 
<p>&nbsp;</p>
−
<h3>Ovary / Pregnancy - US with cycle / US withou cycle - Worklist</h3>
+
<h3>Ecografie utero/gravidanza con ciclo o senza ciclo collegato - Worklist</h3>
−
<p>The first two SQL select statements are used to locate ultrasound or examination records in MedITEX IVF database.</p>
+
<p>i primi due SQL vengono utilizzati per localizzare record di ecografie o esami nel database MedITEX IVF.</p>
−
<p>The decision whether a record must be inserted or can be updated depends on the result of these select statements.</p>
+
<p>La decisione se un record deve essere inserito o pu&ograve; essere aggiornato dipende dal risultato di questi SELECT.</p>
−
<p>The worklist select statement is called every time an ultrasound device asks for the daily worklist.</p>
+
<p>L'istruzione SELECT della worklist viene chiamata ogni volta che un ecografoi richiede la lista di lavoro giornaliera.</p>
−
<p><span style="text-decoration: underline;"><em><strong>Please do not edit these statements and contact support in case of need.</strong></em></span></p>
+
<p><span style="text-decoration: underline;"><em><strong>Si prega di non modificare quest SQL e contattare l'assistenza in caso di necessit&agrave;.</strong></em></span></p>
 
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<tbody>
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<tbody>
 
<tbody>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td style="text-align: right;"><a href="/index.php?title=DICOM_interface">Back to MedITEX DICOM </a></td>
+
<td style="text-align: right;"><a href="/index.php?title=Interfaccia_DICOM">Torna a MedITEX DICOM </a></td>
−
<td style="text-align: right;"><a href="#top">Back to top</a></td>
+
<td style="text-align: right;"><a href="#top">Inizio pagina</a></td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</tbody>
 
</tbody>
 
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Latest revision as of 18:49, 21 December 2018

Contents

MedITEX DICOM

MedITEX DICOM Server (MDS) ha due task principali:

  • Comunica con ecografi per ricavare misure DICOM ("Ecografie" o "Report Strutturati") e inviare la worklist giornaliera.
  • Processa le misure DICOM, estraendo le inormazioni presenti nell'intestazione e inserire o modificare record associati al paziente.

MedITEX DICOM Server può essere aperto come servizio in background (nascosto) o come una normale applicazione utilizzando l'interfaccia utente.

Descrizione del workflow generale:

- Un messaggio DICOM viene inviato al server:

  • Se si tratta di una richiesta di worklist, MDS restituisce la lista dlle ecografie giornaliere.
  • Se si tratti di una qualsiasi misurazione DICOM (immagini ecografiche, conta follicoli...), MDS salva un file DCM in una cartella chiamata SPOOL.

- I file DCM sono scannerizzati, analizzati e processati (uno dopo l'altro).

- Ogni step è documentato in un file di log:

  • Le comunicazioni in un file mensile.
  • I DCM file processati, in un file che contiene gli ultimi 50 record.

- Se il file DCM è processato correttamente sarà salvato nella cartella ARCHIVE, se invece si sono presentati degli errori il DCM file sarà salvato in una cartella FAILED dove potrà essere utilizzato sucessivamente per il re-work manuale.

Le immagini riportate qui sotto mostrano una tipica immagine ecografica (US), report strutturato (SR) e come le diverse misure folicolari sono estratte e preparate per l'inserimento o l'aggiornamento nel Database di MedITEX.

<tbody> </tbody>

1 MedITEX DICOM US.png

2 DICOM SR ListView.png
3 DICOM SR Dataset.png

ID Paziente, Nome, DDN (Data di nascita), Sesso, Data e ora US e classe SOP sono estratte dall'intestazione del file DCM (nessuna interazione manuale è permessa in questa fase).

La classe SOP definisce la modalità che informa l'applicazione MDS su quali informazioni sono inserite nel file DCM e come processarlo.

  • Trascinare qualsiasi file nella finestra del MDS o cliccare il pulsante in alto a destra per aprire la finestra di ricerca.
  • Il file DCM verrà immediatamente analizzato e processato se possibile.

 

La seguente immagine mostra una tipica intestazione DCM. Se nessuna informazione può essere estratta o se il SOPClassUID non viene riconosciuto, l'intero file DCM non può essere processato e viene spostato immedicatamente nella cartella FAILED.

<tbody> </tbody>

4 DICOM DCM Header.png

L'istanza in cui è possibile interagire con l'applicazione MDS è chiamato RE-WORK.

Attraverso il RE-WORK si possono gestire direttamente i file DCM, associare il paziente corretto e importare nuovamente.

  • Cliccare su Analyse CDM-File (1) e verranno visualizzati i record paziente del file DCM selezionato.
  • Cliccando su Assign Patient (2) si aprirà una lista di tutti i pazienti presenti in MedITEX.
  • Selezionare il paziente al quale dovrebbe essere assegnato il file DCM e premere il pulsante Assign Patient (3) affianco al paziente selezionato.
  • Una volta ssegnato il paziente cliccare su Import (4) e il file verrà processato.
<tbody> </tbody>

5 DICOM Rework Analyse.png

6 DICOM Rewok Assign.png

Questo è un esempio di un tipico protocollo che mostra un'immagine ecografica importata con successo e un'altra fallita.

<tbody> </tbody>

7 DICOM Protocol.png

 

MedITEX DICOM Server Configurazione

DICOM Server

La comunicazione tra ecografi e MDS avviene tramite TCP / IP.

L'indirizzo IP è l'indirizzo del computer su cui è in esecuzione MDS. La porta predefinita è la 108 ma è possibile assegnare qualsiasi altra porta se la 108 è in uso.

Il cosiddetto AEtitle è importante solo se diverse applicazioni nella rete forniscono diverse worklist. Nel caso di molti ecografi in combinazione con MDS (e nessun'altra applicazione che "ascolta" sulla porta definita), il AEtitle è solamente un aiuto per l'identificazione.

<tbody> </tbody>

8 DICOM Connection.png

La lista di DICOM-CLASSES (vedi: DCM file header -> SOPClassUID) definisce la modalità di processazione del file.

Ogni associazione di modalità nell'elenco delle classi (SR, US-1, US-2, etc.) deve - come passo successivo - avere una DICOM-APP assegnata, che alla fine estrarrà report (SR) o immagini (US) dal file DCM.

 

Identificazione dell'ovaio

<tbody> </tbody>

9 DICOM SOP.png

<img style="display: block; margin-left: auto; margin-right: auto;" src="/images/10_DICOM_XML_DCM_SR.png" alt="" width="441" height="398" />

Per recuperare la misure dei follicoli dai file SR, devono essere definiti gli ID dei campi in cui sono localizzate le informazioni rilevanti (come mostrato sopra).

Questi ID possono essere trovati nel file XML (decodificato da DCM SR) come "concept <value> | concept <meaning>".

Se il valore e il significato (possono essere vuoti) corrispondono, il "CONTAINS <value>" verrà letto come valore di misurazione dell'ovaio.

 

Impostazioni

- MedITEX DICOM Server normalmente importa le immagini ecografiche (US) e le misurei dei follicoli (SR) da un file DCM.

- Ogni altra informazione contenuta nel file SR che non appartiene alla misurazione dei follicoli può essere importata nel campo note; per questo scopo la casella "Additional measurement values as note" deve essere selezionata.

- Le ecografie follicaolari appartengono normalmente ad un ciclo. Spuntare la casella "Set EXAM-US" per importare anche ecografie follicolari con date non inscuse in un ciclo, queste verranno quindi inserite in Diag. Strumentale.

- Identifica paziente attraverso: ID Paziente (default) – Nome – DDN. Più di un criterio di identificazione aumenta la sicurezza di assegnare l'ecografia alla persona giusta.

L'immagine ecografica estratta (US) non ha un file name. Successivamente alla sua estrazione dal file DCM il file name viene creato utilizzando il timestamp di import (per esempio: DCM_20170801162035401.jpg = anno + mese + giorno + ora + minuti + secondi + millisecondi). Se si utilizza la data dell'ecografia (anni a secondi), il database può essere controllato e i duplicati possono essere evitati (dipende da come è impostato l'ecografo e la worklist).

<tbody> </tbody>

11 DICOM DCM Settings.png

- E' possibile definire come identificare il ciclo al quale appartengono le ecografie, cercando l'ultimo ciclo dl paziente utilizzando la data dell'ecografia e sottraendo o aggiungendo giorni (con range-from e range-to). Normalmente la data del Transfer viene utilizzata per decidere se l'ecografia debba essere trattata come ecografia di gravidanza o meno. Se il ciclo non ha ET (IUI ad esempio), un intervallo di date può essere definito prima della gravidanza e verrà utilizzata la stessa logica: la data dell'ecografia viene confrontata con questo intervallo.

Cartelle di lavoro

  • Vengono create tre cartelle
<tbody> </tbody>
SPOOL  Ogni messaggio DCM in arrivo viene salvato come file in questa cartella.
FAILED  Tutti i file DMC che non possono essere elaborati vengono spostati in questa cartella.
ARCHIVE  Backup di file DCM elaborati con successo.
  • Ritardo nella scannerizzazione: Se MDS riconosce modifiche nella cartella SPOOL, attenderà n millisecondi (1500 è un valore consigliato) prima che i file vengano analizzati ed elaborati.
  • Giorni da tenere in ARCHIVE: I backup DCM nella cartella ARCHIVE precedenti ai giorni definiti verranno automaticamente eliminati.

 

Ecografie utero/gravidanza con ciclo o senza ciclo collegato - Worklist

i primi due SQL vengono utilizzati per localizzare record di ecografie o esami nel database MedITEX IVF.

La decisione se un record deve essere inserito o può essere aggiornato dipende dal risultato di questi SELECT.

L'istruzione SELECT della worklist viene chiamata ogni volta che un ecografoi richiede la lista di lavoro giornaliera.

Si prega di non modificare quest SQL e contattare l'assistenza in caso di necessità.

<tbody> </tbody>

12 DICOM SQL US.png

13 DICOM SQL Worklist.png
14 DICOM Default Configuration.png

 

<tbody> </tbody>
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